====== Logiciels installés ======

Voici les logiciels actuellement disponibles sur le cluster de calcul :\\
Dans le cas où vous seriez intéressé par un logiciel non présent dans cette liste,
n'hésitez pas à prendre contact avec l'équipe mésocentre.


<note tip>Pour voir la liste de tous les logiciels installés sur le cluster, tapez :
<code bash>
$ module avail
</code>
</note>
 =====  Compilateurs =====

    * [[compilation|Intel Cluster toolkit]] : 5 jetons, accessibles à tous
    * [[compilation|Compilateurs GNU ]] 
    * [[compilation|Compilateur PGI ]]
    * [[UPC|UPC]]
**Misc**

  * How to use [[makefile|Make file]] tool
  * How to use a higher version of [[GLIBC_singularity|GLIBC]]



    
===== Debuggers et outils d'analyse =====

^Outil ^ Description^Applications^
|[[outils_analyse:GDB]]   | GNU Debuguer|All|
|[[outils_analyse:Gprof]] | GNU Profiler|All| 
|[[outils_analyse:Valgrind]]|Dynamic analysis tools|All|
|[[outils_analyse:ITAC]]  | Intel trace analyzer|Only Intel MPI|
|[[outils_analyse:TAU]] | Parallel program analyzer|OpenMPI (icc, gcc)|
|[[outils_analyse:Scalasca]]|MPI program analyzer|OpenMPI (icc, gcc)|`
|[[outils_analyse:HPCToolkit]]|MPI program analyzer|OpenMPI (icc, gcc)|`
|[[outils_analyse:Perfsuite]]| Performance Analysis|All|
|[[outils_analyse:linuxPerf]]| Performance Analysis|All|


<note tip>Please use <code bash>$ module avail perf</code> to list all available software.</note>
===== Bibliothèques de passage de messages =====

^Nom^Fabrics^Intégration SGE^Utilisation^
|Intel MPI|Ib, SM, RDMA, eth| oui/non | [[Intel MPI | Utilisation]] |
|Open MPI|Ib, SM, RDMA, eth| oui | [[Open MPI | Utilisation]] |
|Open MPI Java|Ib, SM, RDMA, eth| oui | [[Open MPI with Java binding| Utilisation]] |


<wrap hi>Ib : Infiniband</wrap>\\
<wrap hi>SM : Shared Memory</wrap>\\
<wrap hi>RDMA : Remote Dierct Memory Access</wrap>\\
<wrap hi>eth: ethernet</wrap>
<note tip>Please use <code bash>$ module avail mpi</code> to list all available software.</note>
===== Bibliothèques scientifiques =====

    *[[bibliotheques_scientifiques|Lapack]]
    *[[bibliotheques_scientifiques|Scalapack]]
    *[[bibliotheques_scientifiques| Blacs]]
    *[[bibliotheques_scientifiques|Blas]]
    *[[petsc|PETSc]]
    * [[slepc|SLEPc]]
    * FFTW
    *[[mkl|Intel MKL]]
    *[[Trilinos|Trilinos]]FIXME
    *Numpy - Python
    *Scipy - Python
    *[[GSL|GNU Scientific Library]]
    *[[parmetis|ParMETIS/METIS]]
    *[[getfem++|GetFEM++]]
    *...

**Misc**

    * [[bench_mkl_lapack|Benchmark MKL vs LAPACK]]


<note tip>Please use <code bash>$ module avail numlib</code> to list all available libraries.</note>
===== Langages de scripts =====
  * [[R| R]]
  * [[Python]]
  * [[Anaconda]]
  * [[jupyterhub|Jupyter Notebook]]
<note tip>Please use <code bash>$ module avail lang</code> to list all available languages.</note>
===== Bibliothèques de visualisation et I/O  =====
^Nom^Parallel ?^Documentation^
|HDF5|yes|[[HDF5]]|
|Netcdf|yes|-|
|Paraview|no|-|
|Salome|no|[[Salome|Salome]] à réinstaller|
|VMD|no|-|
|Visit|no|-|
|Hex|no|[[Hex|Hex]]|

<note tip>Please use <code bash>$ module avail tools lib</code> to list all available software.</note>

===== Simulation et informatique  =====
^Nom^Parallèle ?^Documentation^
|SimGrid|non|[[SimGrid]]|
|Sage|non|[[Sage]]|




===== Bio-Informatique  =====

^Nom^Parallèle ?^Documentation^
|EMBOSS|non|[[EMBOSS]]|
|Fasta|MPI|[[Fasta]]|
|Scalablast|MPI|[[Scalablast]]|
|IGV|non|[[IGV]]|
|Exabayes|MPI et séquentiel|[[Exabayes]]|
|MrBayes|MPI et séquentiel|[[MrBayes]]|
|PhyloBayes|MPI et séquentiel|[[PhyloBayes]]|
|T-coffee|non|[[T-Coffee]]|
|RAxML|MPI, OpenMP|[[raxml]]|
|Sumatra|OpenMP|[[Sumatra]]|
|MCL|OpenMP|[[mcl]]|
|Ray|MPI|[[Ray]]|
|Bamtools|non|[[Bamtools]]|
|Bcftools|OpenMP|[[Bcftools]]|
|Bwa|OpenMP|[[Bwa]]|
|Samtools|OpenMP|[[Samtools]]|
|cdhit|OpenMP|[[cdhit]]|
|MIRA|OpenMP|[[MIRA]]|
|DWGSIM|-|[[DWGSIM]]|

<note tip>Please use <code bash>$ module avail bio</code> to list all available software.</note>
===== Logiciels scientifiques =====
  

^Nom ^ Parallèlisme ^Documentation^
|Abinit| MPI |[[Abinit]]|
|CP2K|MPI|<del>[[CP2K]]</del> à reinstaller FIXME|
|Fenics| MPI |[[Fenics]]| 
|FreeFem++| MPI |[[FreeFem++]]FIXME| 
|Gamess| MPI | [[Gamess]]| 
|Gaussian 2009 |Mémoire partagée |[[Gaussian 2009]]| 
|Gromacs| MPI et séquentiel |[[Gromacs]]|
|LAMMPS| MPI |[[LAMMPS|LAMMPS]]|
|Magma Computational Algebra System| séquentiel|[[magma_cpu|Magma CAS]]|
|Meep| MPI |[[Meep]] à reinstaller FIXME|
|Molpro| MPI et MPP |<del>[[Molpro]]</del> à reinstaller FIXME|
|NAMD|MPI|[[Namd]]|
|NWChem|MPI|[[NWChem]]|
|OpenMX|MPI|[[OpenMX]]|
|QUANTUM ESPRESSO|MPI|[[Espresso]]|
|Scilab|séquentiel|[[Scilab| Scilab]] |
|VASP |MPI|Groupe d'utilisateurs (Nous contacter)[[vasp|vasp]]|
|Gate|séquentiel|[[Gate|Gate]]|
|Zebulon|-|[[Zebulon|Zebulon]]|
|Elk|MPI| [[Elk|Elk]] à reinstaller FIXME|
|Crystal|MPI|[[Crystal|Crystal]]|
|Cast3M|-|[[Cast3M|Cast3M]]|
|Siesta|MPI|[[Siesta|Siesta]]|
|JDFTX|MPI|[[JDFTX|JDFTX]]|
|ORCA|MPI-Serial|[[ORCA|ORCA]]|
|MicMac|OpenMP|[[micmac|micmac]]|
|Octave|OpenMP|[[octave|octave]]|
|Towhee MCCCS|MPI et séquentiel|[[towhee|towhee]]|
|Ansys mecahnical|Parallel|[[ansys|ansys]]|
===== Logiciels GPGPU =====

^Nom^Cuda/OpenCL^Documentation^
|Cusp|CUDA|[[CUSP]]|
|Thrust|CUDA|[[Thrust]]|
|pyCUDA|CUDA/python|[[pyCUDA]]|
|MAGMA|CUDA| [[MAGMA|MAGMA]] |
|TensorFlow|GPU| [[tensorflow|tensorflow]] |
|Caffe|GPU| [[caffe|caffe]] |


<note tip>Please use <code bash>$ module avail gpu</code> to list all available software.</note>
===== Software running within Singularity container =====
<note>[[singularity|What's Singularity container ?]]</note>

  * [[:MBT]]
  * [[:TensorFlow]]
  * [[:Hex]]


===== Logiciels Xeon PHI =====

^Nom^Version^Documentation^
|XX|XX|XX|


===== Logiciels commerciaux =====
^Nom ^Parallèlisme^ Toolkit ^Documentation^
|Ansys/Fluent|MPI|accès restreint|[[fluent]]|
|FDTD solutions|MPI|accès restreint|[[lumerical_fdtd]]|
|Altair Hyeprworks|MPI, mémoire partagée|accès restreint|[[hyperworks]]|
|Comsol|mémoire partagée|**2 jetons** : COMSOL Multiphysics, Structural Mechanics Module, SUBSURFACEFLOW (1j), MEMS (1j), MICROFLUIDICS (1j)  |[[utilisation_de_comsol]]|
|Matlab|mémoire partagée|**10 jetons** : Simulink, Image Processing Toolbox, Optimization Toolbox,Signal Processing Toolbox, Symbolic Math Toolbox, Statistics Toolbox, Neural Network, Compilateur 2 jetons,  Distrib_Computing_Toolbox 1 jeton|[[matlab]]|
|Gurobi|mémoire partagée|licence nominative et accès restreint à la file d'attente gurobi.q|[[gurobi]]|


====== Voir aussi ======


  * [[modules|Utilisation des modules]]
  * [[SGE|Utilisation SGE]]