Magma Computational Algebra System

Magma is a large, well-supported software package designed for computations in algebra, number theory, algebraic geometry and algebraic combinatorics. It provides a mathematically rigorous environment for defining and working with structures such as groups, rings, fields, modules, algebras, schemes, curves, graphs, designs, codes and many others. Magma also supports a number of databases designed to aid computational research in those areas of mathematics which are algebraic in nature. The overview provides a summary of Magma's main features.

Utilisation

Le logiciel MAGMA n'est pas installé de manière globale au niveau du cluster de calcul, et son utilisation requiert la demande d'une autorisation préalable auprès de l'organisme responsable. Si vous souhaitez l'utiliser pour vos calculs, il est nécessaire d'en faire part aux administrateurs du mésocentre, qui relaieront, ou directement à A. Giorgetti , qui joue le rôle de contact.

Se connecter sur le noeud de login : ssh mesologin1.univ-fcomte.fr

File d'attente

Une file d'attente est disponible pour l'utilisation de MAGMA : magma.q, elle est limitée à 8 cœurs et à 96 Go de mémoire. Pour la soumission de vos jobs, les informations sont disponibles dans la section SGE

Exemple d'utilisation

On demande une session de 8h:00 et 10G de mémoire : 

$ qlogin -q magma.q -l h_rt=8:00:00 -l h_vmem=10G
$ cd WORK 
$ magma

Attention les sessions interactives sont limitées à 2H par défaut. utiliser l'option -l h_rt=8:00:00 pour demander 8h comme temps d'exécution par exemple.

Script SGE

Voici un exemple d'un script SGE à utiliser surtout lorsque le calcul dure plusieurs heures.

script_magma.sge
#!/bin/bash
#$ -N job_magma
#$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out
 
#$ -q magma.q
#$ -l h_vmem=10G
 
magma
  • Copier le fichier ci-dessous dans le répertoire de magma
  • Lancer le calcul avec la commande qsub script_magma.sge

Lien

http://magma.maths.usyd.edu.au/magma/