Logiciels installés
Voici les logiciels actuellement disponibles sur le cluster de calcul :
Dans le cas où vous seriez intéressé par un logiciel non présent dans cette liste,
n'hésitez pas à prendre contact avec l'équipe mésocentre.
Pour voir la liste de tous les logiciels installés sur le cluster, tapez :
$ module avail
Compilateurs
- Intel Cluster toolkit : 5 jetons, accessibles à tous
Misc
Debuggers et outils d'analyse
| Outil | Description | Applications |
|---|---|---|
| Débogage | GNU Debuguer | All |
| Profiling | GNU Profiler | All |
| Valgrind | Dynamic analysis tools | All |
| Intel® Trace Analyzer and Collector | Intel trace analyzer | Only Intel MPI |
| TAU | Parallel program analyzer | OpenMPI (icc, gcc) |
| Scalasca | MPI program analyzer | OpenMPI (icc, gcc) |
| HPCToolkit | MPI program analyzer | OpenMPI (icc, gcc) |
| Perfsuite | Performance Analysis | All |
| perf - Performance analysis tools for Linux | Performance Analysis | All |
Please use
$ module avail perf
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Bibliothèques de passage de messages
| Nom | Fabrics | Intégration SGE | Utilisation |
|---|---|---|---|
| Intel MPI | Ib, SM, RDMA, eth | oui/non | Utilisation |
| Open MPI | Ib, SM, RDMA, eth | oui | Utilisation |
| Open MPI Java | Ib, SM, RDMA, eth | oui | Utilisation |
Ib : Infiniband
SM : Shared Memory
RDMA : Remote Dierct Memory Access
eth: ethernet
Please use
$ module avail mpi
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Bibliothèques scientifiques
- FFTW
- Numpy - Python
- Scipy - Python
- …
Misc
Please use
$ module avail numlib
to list all available libraries.
Langages de scripts
Bibliothèques de visualisation et I/O
| Nom | Parallel ? | Documentation |
|---|---|---|
| HDF5 | yes | HDF5 |
| Netcdf | yes | - |
| Paraview | no | - |
| Salome | no | Salome à réinstaller |
| VMD | no | - |
| Visit | no | - |
| Hex | no | Hex |
Please use
$ module avail tools lib
to list all available software.
Simulation et informatique
Bio-Informatique
| Nom | Parallèle ? | Documentation |
|---|---|---|
| EMBOSS | non | EMBOSS |
| Fasta | MPI | Fasta |
| Scalablast | MPI | Scalablast |
| IGV | non | The Integrative Genomics Viewer-IGV |
| Exabayes | MPI et séquentiel | Exabayes |
| MrBayes | MPI et séquentiel | MrBayes |
| PhyloBayes | MPI et séquentiel | PhyloBayes |
| T-coffee | non | T-Coffee |
| RAxML | MPI, OpenMP | RAxML |
| Sumatra | OpenMP | Sumatra |
| MCL | OpenMP | MCL a cluster algorithm for graphs |
| Ray | MPI | Ray |
| Bamtools | non | BamTools |
| Bcftools | OpenMP | Bcftools |
| Bwa | OpenMP | Bwa |
| Samtools | OpenMP | Samtools |
| cdhit | OpenMP | cdhit |
| MIRA | OpenMP | MIRA |
| DWGSIM | - | DWGSIM |
Please use
$ module avail bio
to list all available software.
Logiciels scientifiques
| Nom | Parallèlisme | Documentation |
|---|---|---|
| Abinit | MPI | ABINIT |
| CP2K | MPI |  |
| Fenics | MPI | FEniCS |
| FreeFem++ | MPI | FreeFem++ |
| Gamess | MPI | GAMESS |
| Gaussian 2009 | Mémoire partagée | Gaussian 09 |
| Gromacs | MPI et séquentiel | GROMACS |
| LAMMPS | MPI | LAMMPS |
| Magma Computational Algebra System | séquentiel | Magma CAS |
| Meep | MPI | Meep à reinstaller |
| Molpro | MPI et MPP | |
| NAMD | MPI | NAMD |
| NWChem | MPI | NWChem |
| OpenMX | MPI | OpenMX |
| QUANTUM ESPRESSO | MPI | Quantum ESPRESSO |
| Scilab | séquentiel | Scilab |
| VASP | MPI | Groupe d'utilisateurs (Nous contacter)vasp |
| Gate | séquentiel | Gate |
| Zebulon | - | Zebulon |
| Elk | MPI | Elk à reinstaller |
| Crystal | MPI | Crystal |
| Cast3M | - | Cast3M |
| Siesta | MPI | Siesta |
| JDFTX | MPI | JDFTX |
| ORCA | MPI-Serial | ORCA |
| MicMac | OpenMP | micmac |
| Octave | OpenMP | octave |
| Towhee MCCCS | MPI et séquentiel | towhee |
| Ansys mecahnical | Parallel | ansys |
Logiciels GPGPU
| Nom | Cuda/OpenCL | Documentation |
|---|---|---|
| Cusp | CUDA | Cusp |
| Thrust | CUDA | Thrust |
| pyCUDA | CUDA/python | PyCUDA |
| MAGMA | CUDA | MAGMA |
| TensorFlow | GPU | tensorflow |
| Caffe | GPU | caffe |
Please use
$ module avail gpu
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Software running within Singularity container
Logiciels Xeon PHI
| Nom | Version | Documentation |
|---|---|---|
| XX | XX | XX |
Logiciels commerciaux
| Nom | Parallèlisme | Toolkit | Documentation |
|---|---|---|---|
| Ansys/Fluent | MPI | accès restreint | ANSYS Fluent |
| FDTD solutions | MPI | accès restreint | FDTD Solutions |
| Altair Hyeprworks | MPI, mémoire partagée | accès restreint | Altair HyperWorks |
| Comsol | mémoire partagée | 2 jetons : COMSOL Multiphysics, Structural Mechanics Module, SUBSURFACEFLOW (1j), MEMS (1j), MICROFLUIDICS (1j) | Comsol |
| Matlab | mémoire partagée | 10 jetons : Simulink, Image Processing Toolbox, Optimization Toolbox,Signal Processing Toolbox, Symbolic Math Toolbox, Statistics Toolbox, Neural Network, Compilateur 2 jetons, Distrib_Computing_Toolbox 1 jeton | Matlab |
| Gurobi | mémoire partagée | licence nominative et accès restreint à la file d'attente gurobi.q | gurobi |
