Python

Python est installé et optimisé pour les machines du mésocentre en utilisant, par exemple : MKL, MPI, HDF5, …

Il est accessible via le système de modules.

Attention : ne pas confondre avec la version installée par défaut avec le système Linux

Versions installés

  • 2.7.11
  • 3.5
  • anaconda (2.7, 3.7)

Utiliser la commande module pour voir les version insatllées 

$ module avail lang/python
 
lang/python/2.6.5           lang/python/2.7.11(default)
lang/python/2.7.10

Pour utiliser Python, il suufit de charger le module correspondant : 

$ module load lang/python/2.7.11

Paquets installés

Pour afficher les modules (paquets) installés : 

$ module load lang/python
$ pydoc modules

ou 

$ pip list

Vous pouvez nous contacter pour installer un module particulier

Installer un paquet sur son espace de travail

Vous pouvez installer des paquets/modules python directement dans votre espace de travail.

Méthode 1

- Charger la version de python à utiliser, par exemple 

$module load lang/python

- Installer le paquet avec pip ou pip3 

$ pip install --user package_name

Méthode 2

Supposons qu'on souhaite installer une lib package_name dans le répertoire $WORK/myPython

  1. Charger python 
    $module load lang/python
  2. Installer le paquet avec pip 
    $ pip install --install-option="--prefix=$WORK/myPython" package_name
  3. Mettre à jour le PATH et PYTHONPATH dans le fichier .bashrc
module load lang/python
export PATH=$WORK/myPython:$PATH
export PYTHONPATH=$WORK/myPython:$PYTHONPATH

Script SGE

Voici un exemple de script SGE pour lancer Python en mode bacth : 

#!/bin/bash 
 
#$ -N test_sge
#$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out
 
#$ -l h_vmem=4G
 
module load lang/python
 
python monScript.py