A collection of tools for Computing, Evaluating and Manipulating Multiple Alignments of DNA, RNA, Protein Sequences and Structures

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$ module load bio/t-coffee

Afin de lancer plusieurs instances en parallèle, il est nécessaire de fixer 3 variables d'environnements dans votre script SGE avant le lancement de la commande comme ceci:

  • export ROOT_TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee
  * export LOCKDIR_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee
  • export TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee
</note>

  * **Exécution OpenMP**

<code bash tcoffee.sge>
#!/bin/bash -l
#$ -q smp.q

#$ -V
#$ -N t-coffee_omp #$ -pe openmp 12
#$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out #$ -e $JOB_NAME.$JOB_ID.err
#$ -cwd #$ -l h_vmem=4G

## lancement de l'application 
module load bio/t-coffee

## pour en lancer plusieurs en même temps
export ROOT_TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee export LOCKDIR_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee
export TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee

## pour éviter les erreurs d'écriture dans $HOME sur les noeuds
export HOME=$WORK

t_coffee genomes.txt -mode mcoffee -multi_core 1 -n_core $NSLOTS -max_n_proc $NSLOTS -output clustalw, html </code>