T-Coffee

A collection of tools for Computing, Evaluating and Manipulating Multiple Alignments of DNA, RNA, Protein Sequences and Structures

Utilisation

  • Chargement du module
$ module load bio/t-coffee

Afin de lancer plusieurs instances en parallèle, il est nécessaire de fixer 3 variables d'environnements dans votre script SGE avant le lancement de la commande comme ceci:

  • export ROOT_TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee * export LOCKDIR_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee
  • export TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee </note> * **Exécution OpenMP** <code bash tcoffee.sge> #!/bin/bash -l #$ -q smp.q

#$ -V #$ -N t-coffee_omp #$ -pe openmp 12 #$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out #$ -e $JOB_NAME.$JOB_ID.err #$ -cwd #$ -l h_vmem=4G ## lancement de l'application module load bio/t-coffee ## pour en lancer plusieurs en même temps export ROOT_TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee export LOCKDIR_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee export TMP_4_TCOFFEE=$TMPDIR/.t_coffee

## pour éviter les erreurs d'écriture dans $HOME sur les noeuds export HOME=$WORK

t_coffee genomes.txt -mode mcoffee -multi_core 1 -n_core $NSLOTS -max_n_proc $NSLOTS -output clustalw, html </code>