T-Coffee
A collection of tools for Computing, Evaluating and Manipulating Multiple Alignments of DNA, RNA, Protein Sequences and Structures
Utilisation
- Chargement du module
$ module load bio/t-coffee
Afin de lancer plusieurs instances en parallèle, il est nécessaire de fixer 3 variables d'environnements dans votre script SGE avant le lancement de la commande comme ceci:
- export ROOT_TMP_4_TCOFFEE=TMPDIR/.t_coffee
- export TMP_4_TCOFFEE= -q smp.q
# -N t-coffee_omp # -o JOB_ID.out #JOB_NAME. -cwd #TMPDIR/.t_coffee export LOCKDIR_4_TCOFFEE=TMPDIR/.t_coffee
## pour éviter les erreurs d'écriture dans WORK
t_coffee genomes.txt -mode mcoffee -multi_core 1 -n_core NSLOTS -output clustalw, html </code>
- t-coffee.txt
- Dernière modification: 2015/02/25 08:45
- (modification externe)