Le mésocentre

Voici les étapes à suivre pour compiler/lancer le code Matlab sur le mésocentre.

La machine de connexion est mesologin1.univ-fcomte.fr

Se connecter avec SSH/Putty :

ssh loginOfuser@mesologin1.univ-fcomte.fr

Le répertoire de travail est WORK ou encore /Work/Users/loginOfuser (la variable $WORK pointe aussi sur cet emplacement)
Une fois connecté se placer dans le répertoire :
```
cd WORK 
```

Transférer les fichiers/programmes dans le répertoire WORK avec la commande Linux scp ou un outil graphique comme FileZilla.

Attention, tous les fichiers/programmes doivent être copiés dans $WORK et non dans $HOME.

Par exemple :

$ scp SVM.zip kmazouzi@mesologin1.univ-fcomte.fr:WORK

Quelques modifications mineures dans le code sont nécessaires pour adapter le code à la compilation et à son exécution au mésocentre:

Dans OptimSubject.m, au début du fichier, modifier le chemin vers le répertoire contenant les codes source :

 if (~isdeployed)
 
       pathPrograms='/Work/Users/kmazouzi/SVM';
       addpath(genpath(pathPrograms));
 
      end

Adapter la variable pathPrograms.

Pour pouvoir compiler le code, il faut transformer le script principal en fonction, on englobe tout le code de OptimSubject.m dans une fonction :
```
function OptimSubject
              % inserer le code matlab ici
exit
end
```

Notez que j'ai rajouté exit avant end pour que le code généré se termine correctement. Sans exit le code reste pendu !

Nous utilisons Matlab r2015a pour la compilation. Voici les étapes à suivre, dans un terminal :

Se placer dans le répertoire contenant le code, par exemple
```
$ cd /Work/Users/kmazouzi/SVM
```
Charger le module matlab/r2015a
```
$ module load matlab/r2015a
```
Lancer la compilation
```
$ mcc -mv  OptimSubject.m -a ./SVM_MM
```
Cela va générer deux fichiers : OptimSubject et run_OptimSubject.sh
N.B : j'ai renommé le repertoire contenant les packages et les sources MAtlab par SVM_MM

La compilation peut prendre quelques minutes !

Nous allons utiliser SGE pour lancer le calcul sur les noeuds dédiés.

Voici un exemple de script à copier dans le répertoire contenant le code :

script.sge

#!/bin/bash 
 
#$ -V
#$ -N SVM_sge
#$ -cwd
#$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out
#$ -pe openmp 16
#$ -l h_vmem=4G
 
 
## Load matlab, We just need the path to MCR, no license token will be used
 
module load matlab/r2015a
 
## Launch the program itself
 
./run_OptimSubject.sh $MATLAB_HOME

L'exécution peut ensuite être lancée avec la commande qsub :

$ qsub script.sge

Préparation du calcul SVM

Connexion et transfert de fichiers

Prologue

Compilation

Exécution