TP Gaussian09

Cette page décrit comment se connecter et lancer des calculs Gaussian09 sur le mésocentre.

Le compte Linux utilisé est partagé par plusieurs étudiants, l'idée est de de créer un répertoire par étudiant qui servira comme répertoire de travail tout au long du TP

Connexion

Se connecter au noeud de login 

     ssh -CX formationmeso@mesologin1.univ-fcomte.fr

Se placer dans le répertoire de travail WORK 

    $ cd WORK

Créer un répertoire personnel unique en utilisant votre nom de famille, par exemple : 

    $ mkdir dupont

Se placer dans le répertoire nouvellement créé 

    $ cd dupont

ça sera votre répertoire de travail tout au long du TP

Lancement des calculs

Prologue

Nous utilisons SGE (un gestionnaire de ressources) pour le lancement des calculs. Pour ce TP, nous avons réservé des ressources (CPU, mémoire) sur une période donnée.

Pour gaussian09 chaque calcul à lancer correspond à une réservation. Il existe 4 binômes et 3 calculs de 8 cœurs à lancer par binôme, ce qui fait 12 calculs (réservations au total). Voici les numéros des réservations à retenir et à repartir entre binômes :

11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22

Nous pourrons afficher les caractéristiques (CPU, mémoire, durée, …) de chaque réservation avec la commande qrstat. Par exemple pour la réservation 11 : 

$ qrstat -ar 11 
 
--------------------------------------------------------------------------------
id                             11
name                           
owner                          root
state                          w
start_time                     09/19/2018 08:00:00
end_time                       10/03/2018 08:00:00
duration                       336:00:00
submission_time                09/11/2018 16:45:37
group                          sgeadmin
account                        sge
resource_list                  h_vmem=4G
granted_slots_list             all.q@node1-10=8
granted_parallel_environment   openmp slots 8
acl_list                       formationmeso

Soumission des calculs

Pour le lancement des calculs, nous utilisons les mêmes scripts que pour la recherche. Voici un exemple d'un script Gaussian à adapter :

gaussian.sge
#!/bin/bash -l
 
## Nom du job
#$ -N jobgaus
 
### nombre de processeurs. A spécifier aussi dans le fichier
### d'input avec l'option "%NprocShared=..." 
#$ -pe openmp 8
 
### On demande 4G de mémoire 
#$ -l h_vmem=4G
 
### Nom des fichiers de sortie
#$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out
 
### Adapter ces informations au calcul
### Nom du modele Gaussian
### A dapter
 
MODEL_NAME="h2o_gaussian"
 
module load gaussian
 
### TRES IMPORTANT
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
## Lancement du job Gaussian
 
echo "Starting GAUSSIAN run at" `date`
 
echo "g09 < $MODEL_NAME.com > $MODEL_NAME.log"
 
time g09 < $MODEL_NAME.com > $MODEL_NAME.log
 
echo "Finished GAUSSIAN run at" `date`

Attention pour lancer le calcul il faut renseigner les informations de la réservation : numéro de réservation et la durée de l'exécution des calculs

Exemple de lancement avec la réservation 11 : 

$ qsub -ar 11 -l h_rt=330:00:00 gaussian.sge
  • -ar correspond au numéro de réservation
  • -l h_rt c'est la durée du calcul (en heures) en fonction de la plage horaire réservée.

Récupération des résultats

Utiliser les commandes Linux scp, sftp ou simplement filezilla