TP Gromacs

Cette page décrit comment se connecter et lancer des calculs Gromacs sur le mésocentre.

Le compte Linux utilisé est partagé par plusieurs étudiants, l'idée est de de créer un répertoire par étudiant qui servira comme répertoire de travail tout au long du TP

Connexion

Se connecter au noeud de login 

     ssh -CX tpchrono@mesologin1.univ-fcomte.fr

Se placer dans le répertoire de travail WORK 

    $ cd WORK

Créer un répertoire personnel unique en utilisant votre nom de famille, par exemple : 

    $ mkdir dupont

Se placer dans le répertoire nouvellement créé 

    $ cd dupont

ça sera votre répertoire de travail tout au long du TP

Lancement des calculs

Prologue

Nous utilisons SGE (un gestionnaire de ressources) pour le lancement des calculs. Pour ce TP, nous avons réservé des ressources (CPU, mémoire) sur une période donnée.

Un numéro de réservation (SGE) est attribué pour chaque séance de TP.
Obtenir la liste des réservations avec votre responsable du TP.

Nous pourrons afficher les caractéristiques (CPU, mémoire, durée, …) de la réservation (ar=23) avec la commande qrstat. : 

$ qrstat -ar 23
id                             23
name
owner                          root
state                          w
start_time                     11/14/2018 08:00:00
end_time                       11/15/2018 08:00:00
duration                       24:00:00
submission_time                10/23/2018 13:22:45
group                          sgeadmin
account                        sge
resource_list                  h_vmem=4G
granted_parallel_environment   mpi slots 256
acl_list                       formationmeso

Les étudiants peuvent lancer plusieurs jobs en même temps à condition de ne pas dépasser la limites des slots reservés ici : 256

Soumission des calculs

Pour le lancement des calculs, nous utilisons les mêmes scripts que pour la recherche. Voici un exemple d'un script Gromacs à adapter selon vos besoins :

gromacs.sge
#!/bin/bash -l
#$ -pe mpi 32
#$ -q  parallel.q
#$ -N gromacs
#$ -o compute.$JOB_ID.out 
 
module load  gromacs/mpi/gcc/2016-sp
mpirun -np $NSLOTS gmx_mpi mdrun_mpi -s test.tpr

Attention pour lancer le calcul il faut renseigner les informations de la réservation :

  • numéro de réservation
  • la durée de l'exécution des calculs < 24h
  • nombre de slots < 256

Exemple de lancement sur 64 coeurs et h_rt=20h : 

$ qsub -ar 23 -l h_rt=20:00:00 -pe mpi 64 gromacs.sge
  • -ar correspond au numéro de réservation
  • -l h_rt c'est la durée du calcul (en heures) en fonction de la plage horaire réservée.
  • -pe mpi demande 64 cœurs sur 256 slots réservés.

Récupération des résultats

Utiliser les commandes Linux scp, sftp ou simplement filezilla