Notes pour le TP partie MPI

Cette page décrit comment se connecter et lancer des calculs MPI sur le mésocentre.

Le compte est partagé par plusieurs étudiants, l'idée est de de créer un répertoire par étudiant qui servira comme répertoire de travail tout au long du TP

Connexion au mésocentre

Se connecter au noeud de login 

     ssh -CX loginmeso@mesologin1.univ-fcomte.fr

Se placer dans le répertoire de travail WORK 

    $ cd WORK

Créer un répertoire personnel unique en utilisant votre nom de famille, par exemple : 

    $ mkdir dupont

Se placer dans le répertoire nouvellement créé 

    $ cd dupont

ça sera votre répertoire de travail tout au long du TP

Compiler votre application MPI

Il faut d'abord charger la bonne version de MPI. 

$ module load ompi/icc

* ompi/icc = Open MPI compilé avec le compilateur Intel.

Compiler l'application 

$ mpicc monProgramme.c -o monProgramme

Exécuter l'application en mode batch (asynchrone) avec SGE

Se connecter sur la machine : mesologin1.univ-fcomte.fr

Préparer un script SGE :

script_mpi.sge
#!/bin/bash -l
#$ -q formation.q    ## on demande la file formation.q
#$ -N tp_mpi_dupond       ## le nom de votre job  
#$ -pe mpi 16        ## on demande 16 coeurs 
#$ -o $JOB_NAME.$JOB_ID.out  ## le nom de fichier output/err
 
 
#### on charge le module open mpi
 
module load ompi/icc
 
## on lance l'application
 
mpirun -np $NSLOTS ./appli_mpi

Enregistrer le script dans le même répertoire que votre programme, par exemple : matmul.sge

On demande à SGE d'exécuter le programme : 

$ qsub matmul.sge

Une fois lancé, SGE attribue un numéro à chaque lancement (job)

On vérifie l'état des jobs : 

qstat

L'état de tous les jobs sur le cluster ; 

$ qstatAll

Supprimer un job : 

$ qdel <numeroDuJob>

Liens