TP VASP

Cette page décrit comment se connecter et lancer des calculs VASP (séance de TP) sur le mésocentre.

Le compte Linux utilisé est partagé par plusieurs étudiants, l'idée est de de créer un répertoire par étudiant qui servira comme répertoire de travail tout au long du TP

Connexion

Se connecter au noeud de login 

     ssh -CX comptemeso@mesologin1.univ-fcomte.fr

Se placer dans le répertoire de travail WORK 

    $ cd WORK

Créer un répertoire personnel unique en utilisant votre nom de famille, par exemple : 

    $ mkdir dupont

Se placer dans le répertoire nouvellement créé 

    $ cd dupont

ça sera votre répertoire de travail tout au long du TP

Lancement des calculs

Prologue

Nous utilisons SGE (un gestionnaire de ressources) pour le lancement des calculs. Pour ce TP, nous avons réservé des ressources (CPU, mémoire) sur une période donnée.

Pour VASP chaque calcul à lancer correspond à une réservation. 12 étudiants vont lancer les calculs VASP sur 16 cœurs (un job de 16 coeurs maximum).

Le mésocentre vous communiquera la liste des numéros de réservation à utiliser pour soumettre vos calculs. Par exemple la liste de réservation ressemble : 

qrstat  
ar-id   name       owner        state start at             end at               duration
------------------------------------------------------------------------------------------
     26            root         w     03/08/2019 09:00:00  03/08/2019 15:00:00  06:00:00
     27            root         w     03/15/2019 09:00:00  03/15/2019 15:00:00  06:00:00
     28            root         w     03/22/2019 09:00:00  03/22/2019 15:00:00  06:00:00

Il faut noter la colonne ar-id : 26, 27, 28

Nous pourrons afficher les caractéristiques (CPU, mémoire, durée, …) de chaque réservation avec la commande qrstat.

Par exemple pour la réservation 26 : 

$qrstat -ar 26
--------------------------------------------------------------------------------
id                             26
name                           
owner                          root
state                          w
start_time                     03/08/2019 09:00:00
end_time                       03/08/2019 15:00:00
duration                       06:00:00
submission_time                02/12/2019 11:03:56
group                          sgeadmin
account                        sge
resource_list                  h_vmem=4G
granted_parallel_environment   mpi slots 192
acl_list                       tpchrono

Soumission des calculs

Pour le lancement des calculs, nous utilisons les mêmes scripts que pour la recherche (http://mesowiki.univ-fcomte.fr/dokuwiki/doku.php/vasp).

Voici un exemple d'un script VASP à adapter :

vasp.sge
#!/bin/bash 
#
#$ -o $JOB_NAME.o$JOB_ID
#$ -N tapis            ## nom du script à adapter
#$ -pe mpi  16  ## on demande 16 coeurs, a adapter
#$ -q  parallel.q
 
## on charge les modules
 
module load vasp/5.3
 
# on copie vasp dans le repertoire du travail (si c'est pas fait)
 
## cp $VASP_HOME/vasp .
 
mpirun -n $NSLOTS ./vasp

Attention pour lancer le calcul il faut renseigner les informations de la réservation : numéro de réservation et la durée de l'exécution des calculs

Exemple de lancement avec la réservation 26 : 

$ qsub -ar 26 -l h_rt=4:00:00 vasp.sge
  • -ar correspond au numéro de réservation
  • -l h_rt c'est la durée du calcul (en heures) en fonction de la plage horaire réservée.

Récupération des résultats

Utiliser les commandes Linux scp, sftp ou simplement filezilla