Le Mésocentre propose chaque année de réserver la majeure partie des clusters de calcul pour un(des) "grand(s) challenge(s)" : un calcul de grande taille qui ne s'exécute pas en temps normal.
La démarche vise à la fois de donner les moyens à des collègues d'obtenir des résultats scientifiques et de leur permettre de montrer leur capacité à manipuler des exécutions de grande taille, ce qui est nécessaire pour les demandes de moyens sur les supers calculateurs nationaux ou européens. Voici quelques challenges réalisés au mésocentre :